AzDİU-nun kolleqial idarəetmə orqanı rektorun sədr olduğu Elmi Şuradır. Elmi Şuranın tərkibinə seçilmə qaydası, Şura üzvünün hüquq və vəzifələri AzDİU tərəfindən hazırlanmış Əsasnamə ilə müəyyən olunur.

AzDİU-nun Elmi Şurası:

- AzDİU-nun inkişafının ən vacib məsələlərini, tədris və elmi fəaliyyətinin müxtəlitf istiqamətlərini, beynəlxalq əlaqələrini həll edir;

- AzDİU-nun Nizamnaməsinə dəyişikliklər və əlavələr üzrə təkliflər verir;

- Əsasnamələri, təlimatları və digər normativ sənədləri təsdiq edir;

- AzDİU-nun strukturunu müəyyənləşdirir, ona dəyişikliklər və əlavələr edir;

- AzDİU-ya tələbə qəbulu planını müəyyənləşdirir;

- Hər təqvim ili üçün AzDİU-nun büdcəsini müəyyənləşdirir, universitetin maliyyə fəaliyyəti haqqında hesabatı dinləyir;

- fakültəsində (ETİ-lərdə və filiallarda, kafedralarda) vəzifə tutmaq üçün müsabiqə keçirməyin, kontraktların və müqavilələrin vahid qaydalarını təsdiq edir;

- kadr məsələlərinə baxır, fakültə (ETİ, filial) elmi şuralarının təklifi ilə professor və baş elmi işçi vəzifələrini tutmağa iddiaçıların müsabiqəsini keçirir. Kafedra (fakültə və institut tabeliyindəki laboratoriya) müdirlərini, müstəsna hallarda fakültə dekanlarını seçir;

- AzDİU əməkdaşlarına «professor», «dosent», «baş elmi işçi» və s. elmi adlarının verilməsi haqqında vəsadət qaldırır;

-dövlət mükafatları ilə təltif haqqında məsələ qaldırır;

-ölkədə və dünya miqyasında tanınmış görkəmli alimlərə, dövlət, ictimai və siyasi xadimlərə «AzDİU-nun fəxri doktoru» və ya «fəxri professoru» adlarını verir;

-»AzDİU-nun fəxri professoru», «AzDİU-nun fəxri dosenti», «AzDİU-nun fəxri elmi işçisi», «AzDİU-nun fəxri işçisi» adlarını verir;

- elmi işə və pedaqoji fəaliyyətə görə AzDİU-nun mükafatlarını verir;

-professor-məsləhətçi ştatını ayırır;

-tədris planlarını təsdiq edir;

- doktorluq dissertasiyalarının mövzularını təsdiq edir və dəyişdirir;

-təqaüdlərin təyin edilmə qaydalarını qüvvədə olan normativlərə uyğun müəyyənləşdirir;

-AzDİU-nun tədris-metodik, redaksiya-nəşriyyat və kitabxana şuralarının tərkiblərini təsdiq edir;

- Azərbaycan Respublikası MEA-nın həqiqi və müxbir üzvlüyünə seçilmək üçün namizədlər irəli sürür;

- Universitetin Tədris Metodiki Şurasının iş planını təsdiq edir və hesabatını dinləyir.